Fin des années 70, premiers signes de dégradation des récifs coralliens, premiers arrêtés de protection de la ressource de pêche. Années 80, les collectivités locales financent de grands programmes de sensibilisation du public et de construction de stations d'épuration. L'idée d'une structure spécifique pour gérer et protéger les récifs coralliens est émise. Début des années 1990, colloque sur les récifs coralliens, renforcement des protections réglementaires. 1994, seconde étude pour la mise en place d'un Parc Marin.17 juillet 1997, création de l'Association.

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L'Assemblée Générale de l'Association est composée de 3 collèges :
Un Conseil Scientifique composé de 12 experts fournit un avis sur le programme d'actions de l'Association et élabore un programme scientifique.